Нью-Йорк, Рождество 1997 года. Aya Brea, офицер полиции, посещает оперу – и лицезреет массовое человеческое самовозгорание, произошедшее по вине солистки. Она – новая реинкарнация Евы – может свободно манипулировать мутацией живых существ и сжигать людей по одному лишь своему веленью, и единственная, кто может ей противостоять – Айя, в которой также начинают пробуждаться чудодейственные митохондриальные способности. Псевдонаучная подоплека событий игры и сценарий, насыщенностью не уступающий блокбастерам, позволили Parasite Eve выглядеть гораздо взрослее ее собратьев по жанру.